Genova era diventata da tempo un comune, come quasi tutte le città italiane liberatesi dai feudatari. Il comune di Genova non ebbe carattere popolare, come per esempio quello di Firenze, ma similmente a quanto era avvenuto a Venezia, continuarono a dominare ristretti gruppi di famiglie.

Ciascuna di queste famiglie impediva alle altre d'imporre il proprio dominio sulla città, nella quale si mantenne perciò un equilibrio interno e non si ebbe mai una SignoriaOrganismo di tipo monarchico ove le leggi dipendevano da un Signore, i magistrati erano nominati e controllati da lui, come nei più importanti Comuni del nord. Per esempio, Simone Boccanegra tentò di farsi Signore della città ma il suo tentativo fallì completamente. Egli aveva ottenuto il titolo di doge a vita della città (1339) col favore del popolo, ma era stato cacciato dai nobili 5 anni dopo. Più tardi potè riprendere il dogato con l'aiuto dei Visconti. Papa Innocenzo IV Ma i nobili non gli perdonarono di essersi fatto praticamente Signore della città; così durante un banchetto a Sturla, Boccanegra fu avvelenato (1363).
Nel 1220 venne incoronato Federico II imperatore di Germania e Italia e re di Sicilia, il quale aveva riconosciuto i diritti di Genova su alcune località dell'Italia meridionale, a un certo momento ordinò di cancellare quegli editti perché era stato disobbedito in quanto aveva ordinato che non fossero elette Podestà persone lombarde. Ne approfittarono Savona e Ventimiglia che si ribellarono. La Repubblica si trovò a combattere contro due fronti contemporaneamente; nel frattempo anche Pisa attaccò. Sospesi i combattimenti in Liguria si rivolse contro i Pisani che sconfisse. Riprese poi contro i liguri ribelli che sottomise ancora. Nel 1243 venne eletto Papa il nobile genovese Sinibaldo Fieschi dei Marchesi di Lavagna che prese il nome di Innocenzo IV e che scomunicò Federico II. Il Papa, che non si sentiva al sicuro a Roma, si recò a Sutri (a nord di Roma), dove fu assediato dai soldati dell'imperatore. Genova mandò una flotta di 22 galere che portò il Papa al sicuro a Genova (luglio 1244). Federico II morì nel 1250 in seguito alla cattura di suo figlio Enzo

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